Le fonctionnement de l'amicale s'articule autour d'organes permanents et d'organes non permanents.
Les organes permanents sont :
- L'Assemblée Générale
- Le Conseil d'Administration
- Le Conseil des Sages
- Le Conseil des Promotions
- Les Sections Locales
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Le Commissariat aux Comptes
Les organes non permanents sont :
- La Fondation de la 2ALSY (Fondalsy)
- L'Incubateur de Start Up de la 2ALSY (Incubalsy)
Les organes non permanents sont créés par l'Assemblée Générale sur proposition du Conseil d'Administration. La création d'un organe non permanent doit être justifiée par la nécessité d'avoir une équipe dédiée pour une mission d'intérêt général en dehors de celle du Conseil d'Administration. Les dits organes peuvent prendre les formes juridiques les plus appropriées aux missions qui leur sont assignées. Cependant, ils doivent obligatoirement être ailiés à la 2ALSY et être soumis aux décisions de l'Assemblée Générale de celle-ci.
Dans un délai de 60 jours après l'approbation de l'Assemblée Générale, le Secrétaire Général de l'amicale doit effectuer les formalités administratives et doter l'organe de textes conformes à la volonté de l'Assemblée Générale afin qu'il puisse commencer ses activités. La désignation du dirigeant d'un organe non permanent se fait par un scrutin indirect qui implique le Conseil des Sages dont le vote compte pour 30%, le Conseil d'Administration dont le vote compte pour 30% et le Conseil des Promotions dont le vote compte pour 40%.